Bei den externen Sicherheitskontrollen von Fahrern und Bussen der mittlerweile rund 150 Buspartner in Deutschland und Österreich kooperiert FlixBus mit Experten wie dem TÜV SÜD Auto Plus. In den unangemeldeten Kontrollen prüft der TÜV SÜD Auto Plus klar definierte Sicherheitsaspekte wie Bereifung, Karosserie oder Beleuchtung, aber auch Feuerlöscher, vollständiger Verbandskasten oder die korrekte Kennzeichnung der Notausstiege. Dieter Roth, Senior Projektmanager bei TÜV SÜD, bestätigte im Rahmen der Fernbus-Sicherheitstagung in Berlin: „Der Fernbus ist eines der sichersten Verkehrsmittel.“ So ist das Risiko von Verletzungen im Bus, gemessen an den Personenkilometern, mehr als dreimal geringer als im Pkw (Quelle: Destatis, 0,07 Fälle per 1 Mio. Personenkilometer vs. 0,23. Auch der Sicherheitsreport 2016 der renommierten BKFSchule (Berufskraftfahrer-Schule) kam zu einem erfreulich positiven Gesamturteil bei der Einhaltung von Lenk- und Ruhezeiten untern den mittlerweile 150 FlixBus-Partnern in Deutschland und Österreich. Mehrere Mystery-Checks und unangemeldete Abfahrtskontrollen durch FlixBus werden jeden Monat an den Knotenpunkten Berlin und München durchgeführt.